1940年初代天皇の神武天皇即位を元年（紀元）とする皇紀2千6百年を記念して、当時は園内東側の丘（現在の宮の段地区の比叡寮・六甲寮のあたり）の松林の中に築かれ、1941年1月31日に鎮座祭が行われました。その後、1946年2月23日GHQの命令により社殿が撤去され、外島保養院から創立45周年にあたる1950年に再建の話がもちあがり、1954年5月22日に当初あった現在の宮の段地区に再建されました。
1976年9月台風17号の集中豪雨により藪池地区の建物（寮）が甚大な被害を受け、神社を移転し跡地を造成して軽症夫婦者棟を新築することとなり、1977年8月25日に園内を一望できる高台の現在地に社殿が建設され遷宮されました。
1977年8月